Dans cette étude, la diversité des communautés de champignons endophytes et épiphytes a été évaluée et comparée à partir de feuilles saines et asymptomatiques de la plante médicinale Ziziphus lotus (Djebla, Tizi-Ouzou, Algérie). Des méthodes basées sur la culture ont été utilisées pour isoler les endophytes et les épiphytes. Des analyses morphologiques et moléculaires ont été appliquées pour identifier les taxons de champignons. Les deux communautés fongiques diffèrent en taille et en composition. Sur 52 espèces, 19 ont été identifiées comme champignons épiphytes et 45 comme endophytes, avec 12 espèces partagées par les deux communautés (Aspergillus costaricaensis, A. tubingensis, Aureobasidium sp., Cladosporium asperlatum, C. halotolerans, C. limoniforme, Penicillium chrysogenum, P. desertorum, P. flavigenum, P. momoii, Stemphylium sp. et Trichothecium crotonigenum). Les deux communautés se sont avérées modérément similaires (indice de similarité de S?rensen = 0,37). Des valeurs de diversité plus élevées ont été trouvées dans la communauté endophyte par rapport à la communauté épiphyte : indice de diversité de Shannon H' (3,29 contre 1,83), indice de diversité de Simpson C'(0,94 contre 0,74), richesse spécifique (3,06 contre 0,46) et uniformité spécifique (0,86 contre 0,62). De plus, une matrice de corrélation a été générée pour la détermination des interactions possibles entre les différents champignons. La présente étude a également porté sur l'évaluation des activités antibactériennes et antioxydantes d'extraits à l'acétate d'éthyle de cinq champignons endophytes (Aspergillus cavernicola, Aspergillus persii, Alternaria alternata, Cladosporium asperlatum et Fusarium incarnatum-equiseti complex), ainsi que les feuilles de Z. lotus. Une analyse CG-SM a été utilisée pour identifier les composés volatils dans les extraits. Le potentiel antibactérien des extraits a été évalué par la méthode de diffusion sur disque contre cinq souches bactériennes : Staphylococcus aureus ATCC 25923, Staphylococcus aureus MU50, Enterococcus faecalis WDCM00009, Escherichia coli ATCC 25922 et Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853. Des tests de DPPH et de pouvoir réducteur ont été effectués pour évaluer le potentiel antioxydant. La CG-SM a révélé un grand nombre de composés bioactifs. Tous les extraits ont montré une activité antibactérienne contre au moins deux des bactéries testées et la plupart ont montré une activité antioxydante. L'extrait d'Aspergilluscavernicola s'est distingué par sa teneur en phénols plus importante et ses activités antioxydantes et antibactériennes plus élevées dans tous les tests.