Le pistachier de l’Atlas est une espèce endémique de l’Afrique du Nord, elle représente un cas emblématique du patrimoine génétique Algérien. Il a fait l’objet depuis longtemps d’une exploitation à des fins de recherche scientifique fondamentale et de développement de produits divers. Le pistachier est adapté aux régions arides et semi-arides où il joue un rôle très important dans la lutte contre la désertification et l’érosion. Malgré les conditions climatiques rudes et la pression anthropique, il a réussi à se développer et survivre. L’objectif de cette étude était, d’une part, d’explorer, la mycodiversité des communautés de Glomeromycota et les mycoendophytes racinaires associés au pistachier et, d’autre part, d’évaluer la variation spatio-temporelle de ces communautés entre deux populations à Pistacia atlantica Desf. de la wilaya de Laghouat (Algérie) (Dayate El Gouffa et dayate Hassi Delâa). Au total, 50 espèces de mycoendophytes et 214 espèces Glomeromycota ont été isolés et identifiés. L’identification microscopique a révélé une dominance des genres Fusarium et Rhizoctonia pour les mycoendophytes et Acaulospora et Glomus pour les Glomeromycota. Des corrélations positives et pour d’autres négatives sont décrites entre les genres mycoendophytes inventoriés et des corrélations uniquement positives entre les genres Glomeromycota. Les indices de diversité ont révélé une richesse remarquable du microbiome fongique. Une variabilité intra-population et inter-population de la mycodiversité a été noté, avec une distribution croissante en spores chez les jeunes sujets et décroissante chez les sujets âgés selon le gradient de profondeur de sol. Apparemment les conditions édapho- climatiques contribuent efficacement dans la structure et répartition du microbiome fongique dans la rhizosphère du pistachier et dans les tissus internes des racines. Ces résultats pourraient être appliqués davantage à la protection et à la gestion de la santé de cette espèce en voie de disparition.